گوانیدین هیدروکلراید یک مولکول کوچک هیدروسکوپیک است که به‌عنوان یک عامل دناتوراسیون پروتئین و آنزیم شناخته شده است.

گوانیدین در موارد زیر استفاده شده است:

• اندازه‌گیری کمی مقدار ایزوفرم‌های آمیلوئید بتا (Aß) در پلاسما
• در روش کربونیلاسیون پروتئین
• برای تعیین مقدار گلیکوزآمینوگلیکان‌ها
• برای دناتوراسیون آلرژن‌های شیر گاو
• به‌عنوان کنترل در آزمایش‌های غربالگری ضدویروسی با ویروس coxsackievirus B3 (CVB3)
• در جداسازی RNA برای جداسازی نوکلئوپروتئین‌ها و مهار RNase
• گوانیدین عامل قوی کاتروپیک برای دناتوراسیون و رناتوراسیون پروتئین‌ها. گوانیدین به‌عنوان عامل دناتوراسیون قوی می‌تواند پروتئین‌های نامحلول یا دناتوره شده مانند اینکلوژن بادی‌ها را حل کند. گوانیدین هیدروکلراید می‌تواند در مرحله اولیه ریفولودینگ پروتئین‌ها یا آنزیم‌ها به شکل فعال استفاده شود.