از تولوئیدین بلو به دلیل وجود هپارین موجود در گرانولهای سیتوپلاسمی اغلب برای شناسایی ماست سل ها استفاده می شود. همچنین برای لکه گیری پروتئوگلیکان ها و گلیکوزآمینو گلیکان ها در بافت هایی مانند غضروف استفاده می شود. کربوهیدراتهای ماکرومولکولی به شدت اسیدی ماست سلها و غضروفها توسط رنگ آبی قرمز رنگ می شوند وسبب پدیده ای به نام متاکرومازی می شود. محلولهای قلیایی تولوئیدین بلو معمولاً برای رنگ آمیزی قسمتهای نیمه نازک ۰٫۵ تا ۱ میکرومتر از بافت تعبیه شده در رزین استفاده می شود. در pH بالا حدود ۱۰ رنگ به اسیدهای نوکلئیک و تمام پروتئین ها متصل می شود.